基于生物信息學預測

艾柏森生物有專業生物信息團隊，可以通過三維建模的方式對抗原、抗體以及抗原/抗體復合物進行結構生物學的分析。同時結合其他生物信息學分析方法，提供抗原表位預測的服務。

相關服務:

★X-射線晶體學

★通過肽庫方法

★通過LC-MS法

★通過三維電鏡方法

★基于生物信息學預測.

技術平臺:

★抗體定制服務平臺

近年來,發現一類新的長約21-25nt的非編碼內源性小分子RNA--microRNA(簡稱miRNA).miRNA的一個特點是它的前體形成莖環結構,成熟體在莖環結構的一側上,成熟體序列內不能包含大的內環和突環,特別是不能包含大的不對稱環.miRNA通過與靶基因mRNA的特定位點互補配對達到對靶基因的降解或翻譯抑制,從而參與基因的表達調控.miRNA通常位于基因間隔區(intergenic region),也有一部分來源于編碼區的內含子.一些miRNA的基因結構和功能在進化中呈現高度的保守性,但是病毒miRNA和其他一些真核生物的miRNA并不具有這種特點. 由于miRNA對生命體具有非常重要的調控功能,而且近年來發現,miRNA與人類疾病的發生有著密切的聯系,因此尋找新的miRNA是生命科學領域的一大熱點.04年以來,病毒miRNA又成為研究的重點.尋找miRNA基因的方法有實驗方法和生物信息學方法,兩種方法結合使用,才能準確地找到miRNA基因.到目前為止,miRBase上公布的miRNA已有5395種,其中病毒的miRNA有130種.然而不同生物中的仍有大量的miRNA基因尚待鑒定,生物信息學分析手段為發現新的miRNA基因提供了有效的方法.從2003年出現第一個miRNA的預測工具MiRscan后,出現了很多計算預測miRNA的方法,根據其本質可以分為五類:同源片段搜索方法,基于比較基因組學的預測方法,基于序列和結構特征打分的預測方法,結合作用靶標的預測方法和機器學習方法. 由于不同病毒的miRNA之間序列相似性極低,不同物種miRNA的特點又不盡相同,針對這一問題,我們開發了一個預測與探尋miRNA基因的計算機軟件MiRfilter.MiRfilter是由C#語言編碼,文章詳細地介紹了它的設計流程,重點講述了實現預測的三個重要算法:發夾結構判斷算法,篩選成熟體算法和CDS字段搜索算法.并詳盡地講解了它的使用方法.我們用兩種病毒的miRNA檢測軟件的精度,結果標明MiRfilter精度較高,假陽性控制較好.